El ejercicio de la función jurisdiccional no solo consiste en juzgar, también en hacer cumplir lo juzgado. Así lo proclama el Artículo 2 de la Ley Orgánica del Poder Judicial. Es en esta fase final de la labor de impartir justicia, menos vistosa y por eso alejada muchas veces del análisis de la ausencia de separación de poderes, donde más sencillamente podemos apreciar la ausencia de independencia judicial. En el orden civil tras la nueva Ley de Enjuiciamiento se organizaron las subastas on line a través de la página web del Ministerio de Justicia, que es poder ejecutivo, precisando los términos, condiciones y requisitos de concurrencia a las mismas. Sin embargo es particularmente llamativa la administrativización instituida legalmente de la ejecución de sentencias penales.
En España la ejecución de las penas privativas de libertad, es decir las más agresivas, se encuentra atribuida a la Dirección General de Instituciones Penitenciarias y a sus equivalentes autonómicas en aquellas comunidades en que la competencia se encuentra transferida.
El tratamiento, clasificación y régimen penitenciario constituyen el núcleo de la ejecución de las penas privativas de libertad y de su contenido depende que una Sentencia de condena a penas de prisión se cumpla con mayor o menor rigor tanto en el tiempo de cumplimiento como en las condiciones personales del penado. Y corresponde su titularidad a estos órganos cuya dirección, actuación, organización y presupuesto son competencia del poder ejecutivo. Los permisos, visitas, actividades, la asignación de trabajos… conforman aspectos esenciales de la ejecución de la pena que solo quedan a la consideración judicial por la queja del interno como control ex post de las decisiones adoptadas por las Juntas de Tratamiento con asesoramiento de sus equipos técnicos, en los que precisamente por tal carácter especializado descansan generalmente las resoluciones revisorias del Juez de Vigilancia Penitenciaria.
Una efectiva separación de poderes con una Justicia independiente pasa necesariamente por la atribución al Consejo de Justicia de las competencias en materia de prisiones, tratamiento penitenciario y en general a todo lo referido a la ejecución de la pena sustrayéndose así de Interior y de las Consejerías Autonómicas. La dirección de las prisiones estaría encargada a jueces de ejecución penales que se ocuparían de la clasificación inicial, progresión y tratamiento asistidos por forenses y peritos de la administración de Justicia que los auxilien, sometiéndose sus decisiones en grado de recurso devolutivo a las Audiencias Provinciales respectivas.
